Благословом Његовог Преосвештенства Епископа нишког Г. Г. Иринеја 03.априла 1999. године, на Лазареву суботу, постављен је у Парку Светог Саве у присуству свештенства, монаштва и грађана Ниша и околине, камен темељац за изградњу Храма Светог цара Константина и царице Јелене.  Храм су пројектовали архитекте  Јован и Јелена Мандић, радове изводио Грађевинар Ниш. Инвеститор је Град Ниш. У темељ храма, уз три камена темељца, постављена је боца са повељом и све скупа заливено бетоном. На том месту постављен је Крст.
Са почетком ископавања крипте Храма, Крст је измештен поред градилишта и постао је место окупљања верног народа ради молитве. Убрзо је саграђена капелица у којој је читан акaтист. Израђена је нова капелица са вратима која су се закључавала, постављене иконе и горионик за свеће. Трећег јуна 2001. године испред капелице, где ће се изградити  Храм, пресечен је славски колач. У тадашњој Скупштини Града Ниша је први пут прослављена слава св. цара Константина и царице Јелене, и од тада Град Ниш слави храмовну славу као славу Града Ниша.
Трећег јуна 2002. Град Ниш почиње вишедневно славље Крсне славе Града Ниша која се поред централне прославе, Свете Литургије и литије на сам дан славе, обележава и драмским, музичким и спортским догађајима. Уочи Божића 2003. године у присуству великог броја грађана први пут је извршено освећење и паљење бадњака испред Храма. Те исте године први пут је извршено и освећење Богојављенске водице.
Звона Храма први пут су се огласила 3. јуна 2005. године. Почетком октобра 2005. по благослову Епископа нишког Иринеја формира се прво црквено братство при Храму. На дан Зачећа светог Јована Крститеља 6. октобра, братство Храма на челу са тадашњим старешином Храма јерејем Љубишом Марковићем заједно служи прву Свету Литургију. Од тог дана, Храм поред своје Храмовне славе слави и празник Зачећа светог Јована Крститеља. У Храму је 6. октобра 2013. године одржана централна прослава 1700 година Миланског едикта. Служио је Васељенски Патријарх Вартоломеј, са представницима свих помесних православних цркава (Патријарх Српски, Руски, Јерусалимски , Грчки…)

Прво крштење у Храму светог Цара Константина и царице Јелене обављено је 9. октобра 2005. године, прво венчање 15. октобра 2005. године.  Први старешина Храма био је Љубиша Марковић, потом, Милан Крстић и Небојша Оровић. Од 18. децембра 2015. године старешина Храма је  Предраг Радосављевић. После 19 година од почетка радова на Храму, остало је да се уради фрескопис.